MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Haloquadratum walsbyi C23 plasmid PL6B

Total Repeats: 126

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NC_017458	AAG	2	6	60	65	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
2	NC_017458	GAG	2	6	93	98	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
3	NC_017458	CAC	2	6	123	128	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
4	NC_017458	CTC	2	6	131	136	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	Non-Coding
5	NC_017458	GTC	2	6	274	279	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
6	NC_017458	GAGT	2	8	346	353	25 %	25 %	50 %	0 %	Non-Coding
7	NC_017458	CGA	2	6	432	437	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385802376
8	NC_017458	AACG	2	8	491	498	50 %	0 %	25 %	25 %	385802376
9	NC_017458	GTC	2	6	584	589	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802376
10	NC_017458	CGA	2	6	639	644	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385802376
11	NC_017458	GTC	2	6	680	685	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802376
12	NC_017458	GA	3	6	693	698	50 %	0 %	50 %	0 %	385802376
13	NC_017458	AC	3	6	807	812	50 %	0 %	0 %	50 %	385802376
14	NC_017458	CAC	2	6	845	850	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385802376
15	NC_017458	CCG	2	6	885	890	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385802376
16	NC_017458	ACG	2	6	974	979	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385802376
17	NC_017458	TCG	2	6	1003	1008	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802376
18	NC_017458	GTCT	2	8	1154	1161	0 %	50 %	25 %	25 %	385802376
19	NC_017458	GTT	2	6	1174	1179	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385802376
20	NC_017458	AGA	2	6	1209	1214	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385802376
21	NC_017458	CGA	3	9	1222	1230	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385802376
22	NC_017458	GGACGA	2	12	1231	1242	33.33 %	0 %	50 %	16.67 %	385802376
23	NC_017458	GCAAT	2	10	1262	1271	40 %	20 %	20 %	20 %	385802376
24	NC_017458	CGAGAC	2	12	1278	1289	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385802377
25	NC_017458	CGA	2	6	1299	1304	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385802377
26	NC_017458	TCA	2	6	1316	1321	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385802377
27	NC_017458	ACG	2	6	1409	1414	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385802377
28	NC_017458	CGAGAC	2	12	1422	1433	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385802377
29	NC_017458	ACG	2	6	1507	1512	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385802377
30	NC_017458	GA	3	6	1586	1591	50 %	0 %	50 %	0 %	385802377
31	NC_017458	CGT	2	6	1624	1629	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802377
32	NC_017458	GAAC	2	8	1689	1696	50 %	0 %	25 %	25 %	385802377
33	NC_017458	ACG	2	6	1697	1702	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385802377
34	NC_017458	TG	3	6	1763	1768	0 %	50 %	50 %	0 %	385802377
35	NC_017458	CT	3	6	1776	1781	0 %	50 %	0 %	50 %	385802377
36	NC_017458	CAC	2	6	1795	1800	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385802377
37	NC_017458	CGC	2	6	1842	1847	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385802377
38	NC_017458	CGTG	2	8	1854	1861	0 %	25 %	50 %	25 %	385802377
39	NC_017458	CGAG	2	8	1977	1984	25 %	0 %	50 %	25 %	385802377
40	NC_017458	TTA	2	6	2001	2006	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385802377
41	NC_017458	AG	3	6	2030	2035	50 %	0 %	50 %	0 %	385802377
42	NC_017458	ACT	2	6	2081	2086	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385802377
43	NC_017458	GAC	2	6	2170	2175	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385802377
44	NC_017458	AC	3	6	2174	2179	50 %	0 %	0 %	50 %	385802377
45	NC_017458	CGA	2	6	2190	2195	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385802377
46	NC_017458	CGA	2	6	2211	2216	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385802377
47	NC_017458	ACG	2	6	2323	2328	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385802377
48	NC_017458	TCGACC	2	12	2342	2353	16.67 %	16.67 %	16.67 %	50 %	385802377
49	NC_017458	GTCG	2	8	2379	2386	0 %	25 %	50 %	25 %	385802377
50	NC_017458	GGT	2	6	2455	2460	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385802377
51	NC_017458	GAC	2	6	2495	2500	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385802377
52	NC_017458	AC	4	8	2548	2555	50 %	0 %	0 %	50 %	385802377
53	NC_017458	CAA	2	6	2623	2628	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	385802377
54	NC_017458	CGC	2	6	2640	2645	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	385802377
55	NC_017458	TTG	2	6	2708	2713	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385802377
56	NC_017458	ACAACG	2	12	2741	2752	50 %	0 %	16.67 %	33.33 %	385802377
57	NC_017458	ATC	2	6	2764	2769	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385802377
58	NC_017458	AAG	2	6	2795	2800	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	385802377
59	NC_017458	GAC	2	6	2896	2901	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	385802377
60	NC_017458	CTC	2	6	2968	2973	0 %	33.33 %	0 %	66.67 %	385802377
61	NC_017458	CGA	2	6	3007	3012	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
62	NC_017458	TCG	2	6	3064	3069	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
63	NC_017458	GTG	2	6	3078	3083	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
64	NC_017458	AC	3	6	3209	3214	50 %	0 %	0 %	50 %	Non-Coding
65	NC_017458	TGT	2	6	3229	3234	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
66	NC_017458	AT	3	6	3399	3404	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
67	NC_017458	ATTA	2	8	3410	3417	50 %	50 %	0 %	0 %	Non-Coding
68	NC_017458	GTG	2	6	3476	3481	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
69	NC_017458	GAG	2	6	3566	3571	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
70	NC_017458	CGA	2	6	3577	3582	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
71	NC_017458	GA	3	6	3581	3586	50 %	0 %	50 %	0 %	Non-Coding
72	NC_017458	CT	4	8	3592	3599	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
73	NC_017458	AAAT	2	8	3715	3722	75 %	25 %	0 %	0 %	Non-Coding
74	NC_017458	TCG	2	6	3795	3800	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802378
75	NC_017458	CTTG	2	8	3820	3827	0 %	50 %	25 %	25 %	385802378
76	NC_017458	TCG	2	6	3849	3854	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802378
77	NC_017458	ATGT	2	8	3858	3865	25 %	50 %	25 %	0 %	385802378
78	NC_017458	CGT	2	6	3868	3873	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802378
79	NC_017458	CGTG	2	8	3889	3896	0 %	25 %	50 %	25 %	385802378
80	NC_017458	TCT	2	6	3918	3923	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	385802378
81	NC_017458	TCG	2	6	3951	3956	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802378
82	NC_017458	ACTC	2	8	3982	3989	25 %	25 %	0 %	50 %	385802378
83	NC_017458	TG	3	6	4031	4036	0 %	50 %	50 %	0 %	385802378
84	NC_017458	T	6	6	4062	4067	0 %	100 %	0 %	0 %	Non-Coding
85	NC_017458	GTAT	2	8	4079	4086	25 %	50 %	25 %	0 %	Non-Coding
86	NC_017458	GGT	2	6	4105	4110	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	385802379
87	NC_017458	GTC	2	6	4113	4118	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802379
88	NC_017458	GTT	2	6	4124	4129	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385802379
89	NC_017458	TACT	2	8	4153	4160	25 %	50 %	0 %	25 %	385802379
90	NC_017458	GA	3	6	4207	4212	50 %	0 %	50 %	0 %	385802379
91	NC_017458	TC	4	8	4252	4259	0 %	50 %	0 %	50 %	385802379
92	NC_017458	TCG	2	6	4294	4299	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802379
93	NC_017458	ATC	2	6	4326	4331	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385802379
94	NC_017458	GTC	2	6	4362	4367	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802379
95	NC_017458	GTC	2	6	4410	4415	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802379
96	NC_017458	CATCTG	2	12	4535	4546	16.67 %	33.33 %	16.67 %	33.33 %	385802379
97	NC_017458	CGAC	2	8	4602	4609	25 %	0 %	25 %	50 %	385802379
98	NC_017458	TTA	2	6	4624	4629	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	385802379
99	NC_017458	CGT	2	6	4639	4644	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802379
100	NC_017458	GCACCG	2	12	4654	4665	16.67 %	0 %	33.33 %	50 %	385802379
101	NC_017458	TCG	2	6	4672	4677	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802379
102	NC_017458	GTC	2	6	4755	4760	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802379
103	NC_017458	CA	3	6	4790	4795	50 %	0 %	0 %	50 %	385802379
104	NC_017458	GTC	2	6	4819	4824	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802379
105	NC_017458	CAC	2	6	4871	4876	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385802379
106	NC_017458	AAT	2	6	4957	4962	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	385802380
107	NC_017458	TCA	2	6	4980	4985	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	385802380
108	NC_017458	AATC	2	8	5065	5072	50 %	25 %	0 %	25 %	385802380
109	NC_017458	ATCC	2	8	5092	5099	25 %	25 %	0 %	50 %	385802380
110	NC_017458	CCGT	2	8	5132	5139	0 %	25 %	25 %	50 %	385802380
111	NC_017458	TCG	2	6	5220	5225	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802380
112	NC_017458	ACC	2	6	5246	5251	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385802380
113	NC_017458	TTG	2	6	5263	5268	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385802380
114	NC_017458	CGT	2	6	5271	5276	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802380
115	NC_017458	GTC	3	9	5513	5521	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802380
116	NC_017458	CGT	2	6	5548	5553	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802380
117	NC_017458	ATG	2	6	5620	5625	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	385802381
118	NC_017458	CAC	2	6	5657	5662	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	385802381
119	NC_017458	CGT	2	6	5765	5770	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802381
120	NC_017458	TCG	3	9	5827	5835	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802381
121	NC_017458	TCG	2	6	5853	5858	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802381
122	NC_017458	CTCGC	2	10	5918	5927	0 %	20 %	20 %	60 %	385802381
123	NC_017458	GTC	2	6	5928	5933	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	385802381
124	NC_017458	TGT	2	6	5956	5961	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	385802381
125	NC_017458	ACAA	2	8	6012	6019	75 %	0 %	0 %	25 %	Non-Coding
126	NC_017458	ACTG	2	8	6027	6034	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.